L'emplacement sur lequel est bâti le Musée était celui de l'ancien château des Princes de Conti, édifié à la fin du XVIIe siècle à Issy par l'architecte Pierre Bullet. Du château, bombardé et incendié pendant les combats de 1871 puis démoli en 1906, ne sont restés que les dépendances et le pavillon sud de l'entrée, achetés en 1949 par la mairie d'Issy. C'est dans ce dernier que s'est installé en 1981 le premier musée municipal.


