De l'époque de la "Reine Margot", nous pouvons encore admirer le nymphée, rare et curieux exemple de ces petits pavillons à décor de rocaille très en vogue au XVII^e siècle. Les bâtiments du domaine, reconstruits au XIX^e siècle, et la Grande Chapelle, inspirée de la chapelle du château de Versailles, complètent ce majestueux ensemble.
L'ex reine Marguerite de Valois s'est refugiée dans la propriété isséenne en 1606, fuyant Paris ravagé momentanément par la peste. Elle y mène une vie brillante, s'entoure d'artistes, reçoit le roi, la reine et le dauphin.

La nouvelle jeunesse du Séminaire de Saint-Sulpice
Successivement villégiature royale, maison de campagne de religieux, prestigieux institut de formation ecclésiastique, le Séminaire de Saint-Sulpice a connu dans son histoire maints rebondissements. Il est le seul grand domaine de l'Ancien Régime qui ait survécu jusqu'à nos jours dans toute son étendue. Le jardin, la façade, le cloître et la toiture ont récemment été restaurés, ce qui accentue le caractère majestueux du lieu.

Première femme d'Henri IV, Marguerite de Valois (la fameuse « Reine Margot » de Dumas), en fit une seconde cour royale, tumultueuse et brillante, dont le Nymphée témoigne des fastes.
Après sa mort, pour combler les énormes dettes de cette dernière, ses héritiers ont dû vendre la propriété. Commence alors la série des gens d'église qui se succèderont dans ces lieux. C'est ainsi que le domaine devient la maison de repos
et de vacances de la Compagnie de Saint-Sulpice, fondée en 1642 par Monsieur Olier.

Tout au long des siècles, ce lieu de quiétude n'en finit plus d'accueillir d'illustres hôtes : Bossuet, Fénelon, le Cardinal de Fleury, Premier ministre de Louis XV, Talleyrand (un évêque qui a joué un rôle important dans l'histoire de la Révolution et de l'Empire), sans oublier Ernest Renan. L'édifice, et surtout le bâtiment principal, ont été entièrement reconstruits de 1873 à 1894. Décoré à la manière du XVII^e siècle, ils rappellent ainsi les origines de la Compagnie de Saint-Sulpice.
Quatre ans plus tard, sous la direction du Supérieur Captier, dont les longs séjours avaient formé le goût pour l'architecture baroque, la première pierre de la nouvelle chapelle était posée.
 
Classé monument historique depuis 1996, le Séminaire abrite l'École Supérieure de Théologie Catholique et la maison de retraite des prêtres.